System Ninja оснащена дополнительными утилитами, в числе которых есть Startup Manager, Process Manager, PC Analysis, а также инструментами —
Ninja Editor — синтаксический редактор, позволяющий упростить создание скриптов для System Ninja, расширяющие его возможности по поиску мусорных файлов.
FileAnalyzr — анализатор файлов, умеет автоматически возвращать контрольные суммы (MD5, SHA1 и SHA-256), дату и время последнего доступа, дату создания и размер на диске и многое другое.
Registry Cleaner — поиск и удаление ненужных ключей реестра.

Сканирование и анализ по всей файловой системе.
Графический интерфейс пользователя.
Очитка истории системного реестра.
Менеджер управления автозапуска программ.
Сканер Process Malware Scanner для обнаружения вредоносных программ при анализе файлов.
Наличие деинсталлятора программы.
Менеджер процессов.
Инструмент CCEnhancer, позволяющий взаимодействовать совместно с популярной утилитой для очистки системы CCleaner

Что нового в System Ninja 4.0:
Совершенно новый дизайн пользовательского интерфейса и цветовая гамма.
Совместимость с Windows 11.
В список опций очистки добавлена корзина.
Исправлена проблема, при которой System Ninja сбрасывала опции 'Автоматического обновления' для продуктов Mozilla.
System Ninja теперь корректно определяет номер версии Windows в Windows 10 и 11.
System Ninja теперь предупреждает об опасности или глупости некоторых действий с инструментом DuplicateFinder.
Добавлены рекомендации для многих новых элементов запуска.
Добавлена датская локализация (реквизиты Ren Blumensaadt).
[Pro] В модуль Custom Branding добавлено несколько новых шаблонов пользовательского интерфейса, включая Office2016 и Metro.
Очистка 'Common Torrent Tags' была удалена как опция очистки. Теперь эти файлы очищаются при установке флажка 'Временные файлы'.

Общая информация:
• Тип: установка | распаковка.
• Языки: RU | EN | UA.
• Лечение: проведено.
• Вырезано: прочие локализации, license.rtf, SystemNinjaShortcut.exe.
• Добавлено: плагины.
• Дополнительно: при каждом запуске портативная версия проверяет наличие нового winapp2.ini.
(проверка управляется параметром UpdateWinApp2OnStart (в файле AppPortableDataSettings.ini)), отключена синхронизация локализаций.

Ключи командной строки:
• Тихая установка: /V
• Распаковка portable: /V /P
• Не создавать ярлык на рабочем столе: /ND
• Не создавать ярлык в меню «Пуск»: /NS
• Cоздать ярлык в Панели задач: /T
• Закрепить ярлык в меню «Пуск»: /S
• Включить автообновление: /A
• Язык интерфейса - Русский: по умолчанию
• Язык интерфейса - Английский: /E
• Язык интерфейса - Украинский: /U
• Выбор места установки: /D=Путь
Ключ /D=Путь следует указывать самым последним.
Пример: установщик.exe /V /P /D='D:System Ninja Portable'